Hakan Bayrakçı, 1960 yılında İstanbul’da Mesut ve Seniha Bayrakçı çiftinin oğlu olarak doğmuştur. Baba tarafı Erzurum, anne tarafı İstanbulludur. Sırmahan Başbuğoğlu ve Mehmet Bayrakçı isimlerinde kardeşleri vardır.
Saint Benoit ve Saint Michel Fransız kolejlerinde orta ve lise tahsilini gördü. İstanbul Üniversitesi Tarih Kısmından mezun oldu. 1982 – 1984 yılları ortasında, ”Çadırlar”, ”Ortaçağ ve Türkler” ve ” Kırmızı Fırtına” isimli kitapları yazdı.
1988 yılında SONAR araştırma şirketini kurdu. Süleyman Demirel ve Bülent Ecevit üzere değerli başkanların profesyonel olarak danışmanlığını yaptı. Bundan öbür, 140 Belediye Lideri, 40 Bakan, 14 Parti Genel Lideri ve 7 Başbakana’a da profesyonel olarak emsal danışmanlık hizmeti verdi.
2003 ve 2006 yılları ortasında tarih programı sunan Hakan Bayrakçı, çeşitli televizyon programlarında konuk yorumcu olarak da katıldı.
Hakan Bayrakçı, Fransızca ve İngilizce bilmektedir. Profesyonel meslek hayatından kalan boş vakitlerinde hobi olarak, çok sesli müzik besteleri ve fotoğraf yapmaktadır. Hobileri ortasında, sanat tarihi, futbol, piyano çalmak, klasik türk ve batı müziği dinlemek, ideoloji ve sosyoloji bulunmaktadır.
Hakan Bayrakçı’nın Mesut Bleda Bayrakçı isminde bir oğlu vardır.
İstanbul’da yaşayan Hakan Bayrakçı türlü dernek ve vakıflarda da yöneticilik yapmaktadır.